คุโด้ ชินอิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่แอบชอบลูกสาสของโมริ โคโกโร่ ที่ชื่อ โมริ รันซึ่งคุโด้ ชินอิจิถูกขนานนามว่า “ยอดนักสืบแห่งปีเฮย์เซย์” ได้แอบดูการเจรจาลับของชายชุดดำ โดยไม่ระวังว่าชายชุดดำอีกคนได้แอบลอบทำร้ายด้านหลัง แล้วถูกจับกรอกยาผิดที่ระบุว่าถูกผลิตภายในองค์กรของพวกเขา แต่ยาพิษนั้นกลับทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น เอโดงาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ และเพื่อสืบหาเบาะแสร่องรอยของชายชุดดำและเพื่อนำยาแก้พิษกลับมา จึงได้ไปอยู่กับโมริ รันเพื่อนตั้งแต่สมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งพ่อของรัน โมริ โคโกโร่เป็นนักสืบเอกชน