ขณะดูแลกระต่ายที่โรงเลี้ยงสัตว์ โคนัน, ไฮบาระ, อายูมิ, เกนตะ และมิตสึฮิโกะได้พบกับผู้สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนประถมศึกษาเทตัน มุราตะ โช, ยานางิมาจิ กาคุ และอิจิฮาชิ เซโกะ พวกเขาถูกขอให้ขุดแคปซูลเวลาขณะที่คนอื่นๆ ในชั้นเรียนเตรียมตัวสำหรับการกลับมาพบกันในชั้นเรียน อาเคมิซึ่งเป็นคนเดียวที่รู้ตำแหน่งของแคปซูลเวลาที่ถูกฝังไว้ ได้ทิ้งรหัสไว้ และเหล่านักสืบหนุ่มก็ทำงานร่วมกับเหล่าบัณฑิตเพื่อค้นหาเบาะแส แต่มีบางอย่างแปลก ๆ เกิดขึ้นระหว่างการค้นหา และโคแนนเชื่อว่าอาจมีคนรบกวนการค้นหาแคปซูลเวลาของพวกเขา