โคนันและเด็กนักสืบไปที่พิพิธภัณฑ์ไดโนเสาร์เบกะเพื่อชมการแสดงที่มีชุดไดโนเสาร์ หลังจากจบการแสดง พวกเขาได้ยินเสียงดังมาจากห้องนิทรรศการที่สอง ทิศทางพิพิธภัณฑ์ชิดะถูกซากฟอสซิลบดขยี้ ภัณฑารักษ์คุจิกิและพนักงานออฟฟิศยัวเริ่มกล่าวหากันในข้อหาฆาตกรรม แต่พิธีกรรายการนาอิโตะก็กระโดดเข้ามาปกป้องยัว ดูเหมือนว่าไม่มีใครชอบผู้กำกับชิดะ ขณะที่ตำรวจตั้งคำถามกับพวกเขาแต่ละคน เหล่านักสืบหนุ่มก็ค้นหาเบาะแสในพิพิธภัณฑ์ และ