โคโกโร่ โคนัน และรันกำลังไปเยือนจังหวัดนากาโน่ เมื่อพวกเขาบังเอิญพบกับสารวัตรยามาโตะและพรรคพวกของเขาในตำรวจประจำจังหวัดนากาโนะ โคนันและเพื่อนๆ เยี่ยมชมซากปรักหักพังของศาลเจ้าคันสุเกะและหลุมศพของยามาโมโตะ คันสุเกะ ขณะเยี่ยมชมแม่น้ำ Chikumagawa ซึ่งเป็นจุดหมายปลายทางสุดท้าย สารวัตร Shigeru Takedas ถูกตัดศีรษะถูกพบอยู่ในแม่น้ำ บนหน้าผากมีรอยคล้ายรอยเท้านกหัวขวาน ถูกกล่าวหาว่ามีกลุ่มลึกลับที่รู้จักกันในชื่อสมาคมนกหัวขวานอยู่ในตำรวจภูธรจังหวัดนากาโน่ ยามาโตะและพรรคพวกออกตามหาคนที่อาจแสดงความไม่พอใจทาเคดะ เมื่อคดีสองคดีที่เกี่ยวข้องกับทาเคดะถูกเปิดเผยอีกครั้ง