โคนัน โคโกโระ อามุโระ และเชฟวาคิตะจากอิโรฮาซูชิขึ้นรถไฟด่วนพิเศษอาซูสะไปยังนากาโนะ เดิมทีโซโนโกะควรจะไปด้วย แต่เธอก็ล้มป่วยลง เนื่องจากรันอยู่ข้างหลังเพื่อเยี่ยมเพื่อนของเธอ อามุโระและวาคิตะจึงเดินทางแทนเนื่องจากลูกค้านิชิฮาระ ไทเซย์ยืนกรานในจดหมายถึงโคโกโระว่าเขาพากลุ่มสี่คนไปด้วย ที่มาพร้อมกับจดหมายนั้นมีรหัสที่เขียนด้วยคาตาคานะ ลูกค้าร้องขอคือ เพื่อนเก่าของฉันแขวนคอตายในโบสถ์ร้างที่อยู่ลึกเข้าไปในภูเขานากาโนะ และฉันไม่รู้ว่าทำไม กรุณาถอดรหัสและบอกความจริงกับฉัน ในโบสถ์ของโบสถ์ร้างที่พวกเขาไปถึง พวกเขาพบอดีตเพื่อนร่วมชั้นมัธยมปลายของนิจิฮาระห้าคน