ขณะที่โคโกโระ รัน และโคนันกำลังเดินทางกลับบ้านจากบ่อน้ำพุร้อนในโคโมโนะ จังหวัดมิเอะ พวกเขาก็ขึ้นรถไฟพร้อมกับแพทย์สองคน พวกเขามาถึงสถานีที่อาจเปลี่ยนรถไฟเป็นอีกสายหนึ่งได้ แต่ไม่มีใครสามารถเปลี่ยนรถไฟได้ เนื่องจากทั้งสองสายมีกำหนดการต่างกันโดยใช้เวลาต่างกันเพียงห้านาที ที่สถานีที่ทั้งสามคนจะเปลี่ยนรถไฟไปโตเกียว มีผู้ค้นพบคดีฆาตกรรม ผู้ต้องสงสัยเพียงคนเดียวนั่งรถไฟกับกลุ่มของโคแนน ขณะที่เหยื่อนั่งรถไฟจากสายอื่น