สิบห้าปีที่แล้ว ในบริเวณแห้งแล้งของมหาสมุทรแปซิฟิก เรือสำราญลำหนึ่งชนกับภูเขาน้ำแข็งและสูญหายไปในทะเล กว่าหนึ่งทศวรรษต่อมา ฮิเดโตะ ยาชิโระ วิศวกรเรือ เสียชีวิตจากอุบัติเหตุทางรถยนต์ที่ร้ายแรง ความเชื่อมโยงที่ไม่น่าจะเกิดขึ้นระหว่างเหตุการณ์เหล่านี้เกิดขึ้นได้เฉพาะบนเรือโดยสารสุดหรู St. Aphrodite ระหว่างการเดินทางครั้งแรกของเธอเท่านั้น บนเรือในช่วงวันหยุดที่จำเป็นมาก Kogorou Mouri, Ran ลูกสาวของเขา, Conan Edogawa และกลุ่มนักสืบเพลิดเพลินกับการเดินทางที่ครอบครัวของ Sonoko Suzuki จัดให้ แต่ความสนุกของพวกเขาก็จบลงทันทีเมื่อเกมซ่อนหานำไปสู่การหายตัวไปของโซโนโกะ