จู่ๆ โคนันก็ตื่นขึ้นมาในความมืด ขณะที่เดินไปช้อปปิ้งกับเหล่านักสืบบอย โคนันก็เห็นร่างหนึ่งพังตู้เซฟภายในอาคาร โคนันถูกคนร้ายโจมตีและถูกขังอยู่ในกล่องสี่เหลี่ยม ในขณะเดียวกัน โคโกโระก็ถูกจ้างให้ตามหาหัวขโมยที่ขโมยพินัยกรรมของคาราบาชิ โกทาโร ประธานกลุ่มคาราบาชิ ผู้ต้องสงสัยได้ถูกจำกัดให้เหลือเพียงลูกชายคนโตของโคโซ มิตสึโยะลูกสาวคนโต และลูกชายคนที่สองของฮิเดโอะ โคนันติดต่อกับเด็กนักสืบโดยใช้ตราสัญลักษณ์ของเขา แต่ในไม่ช้าเขาก็พบว่าตัวเองจนมุมในสถานการณ์ที่สิ้นหวัง